História siaha až k obdobiu krátko pred rokom 1239, kedy sa v Trnave usadili Františkáni. Jestvuje predpoklad, že prví bratia sa usadili pri Dolnej bráne (v okolí dnešného kostola svätej Heleny), avšak čoskoro sa presídlili ku Kostolu svätého Jakuba pri Západnej bráne mesta, kde bolo predtým benediktínske opátstvo.
História do 19. storočia
V roku 1301 a 1340 sa v tunajšom kláštore konala uhorská provinciálna kapitula. V rokoch 1308-1309 sa tu zdržiaval pápežský legát, kardinál Gentilis OFM, ktorý plnil v Uhorsku svoje politické poslanie. V roku 1327 bol kláštor miestom vyjednávania medzi Karolom Róbertom z Anjou a českým kráľom Jánom Luxemburským.
Kráľ Ľudovít I. Veľký dal v roku 1363 postaviť nový gotický kostol a zároveň zväčšiť kláštor. V roku 1590 bol veľmi poškodený zemetrasením.
V časoch Bocskayovho povstania bol kostol a kláštor v rokoch 1605-1607 v moci kalvínov.
V 17. storočí bol niekoľkokrát opravovaný. V roku 1666 a 1683 úplne vyhorel. Oheň zničil klenbu, hlavný oltár a 5 ďalších bočných oltárov. Na popol sa obrátila bohatá knižnica, darovaná kardinálom Pázmáňom a archív kláštora so všetkými protokolmi a listinami. Pomocou dobrodincov sa podarilo opraviť najprv kostol do roku 1712 a potom aj kláštor.
Stavbu nového kostola podporoval ostrihomský arcibiskup Juraj Szelepcsényi a v roku 1714 bol konsekrovaný. Vo vizitačnej správe z roku 1823 sa píše, že kostol bol 1. septembra 1714 konsekrovaný, posviacal ho Lukáš Nataly, belehradský biskup (čestný hosť u františkánov) a urobil to zdarma. Vežu dokončili v roku 1717. Túto podobu má kostol dodnes.
Kláštor je spojený s Kostolom sv. Jakuba Staršieho, apoštola (sviatok patróna chrámu 25. júla).
Činnosť kláštora
Kláštor patril pôvodne do Mariánskej provincie. Bola v ňom zriadená filozofická a teologická škola, ktorú navštevovali aj bratia – študenti z Bulharska a Bosny. Od roku 1642 bola povýšená na generálne štúdium a popri Trnavskej univerzite, ktorú spravovali Jezuiti bola druhou vysokou školou v meste. Medzi školami jestvovala aktívna spolupráca.
Aj tu jestvoval, najmä od 17. storočia čulý hudobný život a pôsobili tu vynikajúci organisti a hudobní skladatelia:
páter Edmund Beňovič autor dvoch hudobných zborníkov, ktoré sa stali prototypom pre neskôr vznikajúce zborníky;
brat Jozef Rehák, ktorý v tunajšom kláštore zostavil dva hudobné zborníky (1798 – Requiem, 1800- Hymny a litánie k Panne Márii a svätým);
brat Václav Malinský v rokoch 1813-1838 a mnohí iní.
Ich činnosť významným podielom obohatila hudobnú kultúru na Slovensku.
Súčasnosť
Po obnovení provincie v roku 1924 sa kláštor stal miestom noviciátu a je ním aj v súčasnosti. Kláštor je na území Trnavskej diecézy.
Fidél Jurčovič OFM – Františkáni na Slovensku (Minulosť a prítomnosť do konca 20. storočia), Trnava, 2001